1994年，经中央机构编制委员会批准，科学技术部高技术研究发展中心成立，是具有独立法人资格的正局级公益一类事业单位。2004年，经中央机构编制委员会批准，加挂科学技术部基础研究管理中心牌子。2023年，根据《党和国家机构改革方案》，科学技术部高技术研究发展中心（科学技术部基础研究管理中心）整体划入国家自然科学基金委员会，更名为国家自然科学基金委员会高技术研究发展中心（国家自然科学基金委员会基础研究管理中心），简称“高技术中心”。自成立以来，高技术中心先后承担了863计划、973计划、科技支撑（攻关）计划，国家重点研发计划等相关科技计划的项目管理和国家重点实验室过程管理等工作。

       高技术中心主要职责：受托承担中央财政科技计划中基础前沿和高技术相关领域项目管理工作，履行项目管理专业机构职责。受托承担国家自然科学基金部分类型项目的评审及相关管理工作。受托开展相关领域专项动议凝练，报自然科学基金委咨询委员会评议。制定项目管理工作方案，参与编制经费概算和项目指南，受理项目申请，组织项目评审、立项、过程管理、综合绩效评价及监督检查等。组织开展项目管理、技术研发等相关研讨、培训、科普工作。开展项目后续管理服务工作，推进成果汇交，推动转移转化、示范和应用推广及与地方产学研合作等相关工作。开展项目的组织实施、经费使用、专家履职等监督评估和科研诚信、科技伦理工作。受理或承办相关项目管理实施中的申诉、举报等，处理反馈并开展信用记录。受托承担国家科技创新基地监督检查、评估评价、建设验收和战略研究等工作。开展相关领域战略研究，为相关部门宏观决策提供建议和对策。开展基础前沿和高技术等相关管理咨询、信息服务等工作。开展博士后科研工作站相关工作。组织《中国基础科学》《前沿科学》等编辑、出版、发行工作。开展“中国科学十大进展”年度遴选工作。推动相关领域国际和对港澳台地区科技合作与交流工作。承办委党组、委领导交办及委机关委托的其他事项。