1994年，经中央机构编制委员会批准，科学技术部高技术研究发展中心成立，是具有独立法人资格的正局级公益一类事业单位。2004年，经中央机构编制委员会批准，加挂科学技术部基础研究管理中心牌子。2023年，根据《党和国家机构改革方案》，科学技术部高技术研究发展中心（科学技术部基础研究管理中心）整体划入国家自然科学基金委员会，更名为国家自然科学基金委员会高技术研究发展中心（国家自然科学基金委员会基础研究管理中心），简称“高技术中心”。自成立以来，高技术中心先后承担了863计划、973计划、科技支撑（攻关）计划，国家重点研发计划等相关科技计划的项目管理和国家重点实验室过程管理等工作。

       高技术中心主要职责：受托承担中央财政科技计划（专项、基金等）中基础前沿和高技术相关领域项目管理工作，履行项目管理专业机构职责。制定项目管理工作方案，组织编制经费概算，参与编制项目指南，受理项目申请，组织项目评审、立项、过程管理及综合绩效评价等。组织开展项目管理、技术研发等相关研讨、培训、科普工作。开展项目后续管理服务工作，推进成果汇交，推动转移转化及与地方产学研合作等相关工作。开展项目的组织实施、经费使用、专家履职监督评估和科研诚信、科技伦理工作。受理或承办相关项目管理实施中的申诉、举报等，处理反馈并开展信用记录。研究相关领域及国家重点实验室的国内外科技现状和发展趋势，参与科技需求分析、技术预测和规划编制等工作，为上级部门及有关单位宏观决策提供建议和对策。开展国家重点实验室规划布局、运行体制机制等研究，承担国家重点实验室过程管理相关工作。推动相关领域及国家重点实验室管理相关国际和对港澳台科技合作与交流工作。承办上级交办及委托的其他事项。